Der steilen akademischen Karriere Rohrachers drohte kurz nach dem Einmarsch der deutschen Wehrmacht jedoch ein unverhofftes Ende. Nach eigenem Bekunden hatte sich Rohracher bei einer abfällig über Hitler geäußert, woraufhin er denunziert und vom Dienst an der Universität suspendiert wurde. Rohracher wechselte zur Wehrmachtpsychologie und trat seinen Dienst an der Eignungspsychologischen Prüfstelle in Salzburg-Parsch. an 1940 kam er jedoch erneut in große Schwierigkeiten. Briefe an seinen Vater, in denen er den baldigen Verlust des Krieges herbeisehnte, waren von der Gestapo geöffnet worden. Erneut drohte die Internierung, der Rohracher durch die freiwillige Versetzung an die Front zum Jahresende 1940 zu entgehen suchte. Noch vor dem Abschluss seiner Ausbildung für den Frontdienst bei den Gebirgsjägern wurde Rohracher zur Reserve nach Osttirol und von dort wieder an die Eignungsprüfstelle nach Salzburg versetzt – ob sein Bruder Andreas, der zu diesem Zeitpunkt Generalvikar in Kärnten war, oder Kameraden aus der Wehrmacht hier im Hintergrund eine schützende Hand über ihn hielten, ist bis heute nicht eindeutig geklärt.
Im Laufe des Jahres 1941 erlangte Rohracher die Dozentur an seiner Stammuniversität wieder zurück, von wo aus er 1943 schließlich nach Wien als außerplanmäßiger Professor und Leiter des Psychologischen Instituts berufen wurde. Die Hintergründe dieses wohl bedeutendsten Schritts in Rohrachers akademischem Werdegang sind bis heute nicht restlos geklärt. Die Berufung eines parteilosen Experimentalpsychologen mit aus Sicht der Gestapo zweifelhaften politischen Ansichten sowie enger familiärer Bindung zur katholischen Kirche scheint auf den ersten Blick rätselhaft.

Vor dem Hintergrund des Kriegseinsatzes der Wissenschaften macht sie mehr Sinn: Viele Jahre konnte keine Einigung für die Nachfolge des Lehrstuhls Karl Bühlers erreicht werden, die aufgrund der 1941 erlassenen Diplomprüfungsordnung jedoch immer dringlicher wurde. Mehrere Anwärter, darunter Gunther Ipsen und Arnold Gehlen, konnten den Lehrstuhl aus unterschiedlichen Gründen nicht ausfüllen. Zudem hatte sich Rohracher als einer der wenigen EEG-Experten im deutschsprachigen Raum Wissen auf einem Feld angeeignet, welches auch für die NS-Führungsriege von Interesse war. Rohracher versuchte diesen Aspekt strategisch für sich zu nutzen, indem er schon im März 1941 darauf hingewiesen hatte, dass das „Ausland (Amerika) auf diesem Gebiete, dessen Grundlagen von einem Deutschen geschaffen wurden, einen wesentlichen Vorsprung erreicht“. Für seine gehirnelektrischen Untersuchungen an Kriegsversehrten im „Hirnverletztenlazarett“ der Luftwaffe im VIII. Wiener Gemeindebezirk konnte Rohracher erfolgreich Forschungsgelder von der Deutschen Forschungsgemeinschaft einwerben, während die wissenschaftlichen Assistenten des Instituts Norbert Thumb und Sylvia Klimpfinger, Kooperationen mit der Rüstungsindustrie und der Nationalsozialistischen Volkswohlfahrt aufbauten.
Die beiden ersten Jahre nach Rohrachers Antritt am Psychologischen Institut der Universität Wien waren von einem drückenden Mangel an Ressourcen, Geld und Personal gekennzeichnet, die schließlich in der Ausbombung des Instituts während eines Luftangriffs im Februar 1945 mündeten. Nach Kriegsende wurde Rohracher zu einer prägenden Gestalt der österreichischen Nachkriegspsychologie. Sein distanziertes Verhältnis zur NSDAP machte ihn politisch unverdächtig, in den Entnazifizierungsverfahren spielten seine Gutachten eine wichtige Rolle für die weitere berufliche Karriere von Fachkolleginnen und -kollegen. Bald wurde Rohracher der einzige Mitarbeiter des Psychologischen Instituts der Universität Wien, der schon vor 1945 seinen Dienst angetreten hatte. Die naturwissenschaftlich-experimentelle Ausrichtung von Rohrachers drei Jahrzehnte anhaltendem Wirken gab dem Psychologischen Institut der Universität Wien auch wissenschaftstheoretisch ein Gepräge, welches auch noch lange über seinen plötzlichen Tod im Dezember 1972 hinaus erhalten bleiben sollte.
Während der NS-Zeit zählte Erismann zu den wenigen Hochschullehrern, die öffentlich gegen die NS-Ideologie aufzutreten wagten.
Zur personellen Situation der akademischen Psychologie in Österreich nach 1945.
